Obecne w glebie patogeny mogą powodować choroby wirusowe i grzybowe. Patogeny glebowe, rozwijając się na korzeniach winorośli, mogą doprowadzić do zakażenia nowych nasadzeń, a w późniejszych latach do spadku jakości i ilości plonów oraz zamierania krzewów.
Do najczęstszych należy kompleks degeneracji zakaźnej, wywołanej wirusami przenoszonymi przez nicienie glebowe. Chodzi o wirus wachlarzowatości liści (GFLV) i wirus mozaiki gęsiówki (ArMV). Wirozy te rozwijają się na poziomie systemu korzeniowego, pogarszając plon i długowieczność zarażonych roślin. Do charakterystycznych objawów należą: karłowacenie krzaka, skracanie i deformacja łozy, deformacja i dekoloracja liści (nawet całkowite żółknięcie), opadanie kwiatów i zawiązków owoców (w konsekwencji spadek plonu). Analiza laboratoryjna pozwala na wykrycie tych wirusów w glebie.

1. Choroby nieinfekcyjne
Symptomacja chorób wywoływanych niedoborem, nadmiarem bądź niezachowanymi proporcjami w żywieniu roślin makro- i mikropierwiastkami.
Choroby powodowane niedoborem światła.
Choroby powodowane niewłaściwym stosowaniem herbicydów.
Choroby powodowane przemarznięciem roślin.
Choroby powodowane zanieczyszczeniami środowiska.
Choroby powodowane zasoleniem gleby.

2. Choroby infekcyjne - wirozy
Wirus wachlarzowatości liści winorośli (GFLV – Grapevine fanleaf virus).
Wirus liściozwoju winorośli (Grapevine leaf roll).
Choroby bakteryjne
Guzowatość korzeni (Agrobacterium tumefaciens).
Rak bakteryjny winorośli (Pseudomonas syringae pv. syringae).

3. Chromista, Oomycota, Pythiales, Pythiaceae
Zgorzele siewek roślin, zgnilizny organów podziemnej i przyziemnej części roślin (Pythium spp., Phytophthora spp.).
Chromista, Oomycota, Peronosporales, Peronosporaceae
Mączniak rzekomy winorośli (Plasmopara viticola).
+ sprawdzian

4. Fungi, Zygomycota, Mucorales, Mucoraceae
Mucor spp. i Rhizopus spp. – ogniwa w procesach gnilnych, m. in. owoców, bulw i cebul.
Ascomycota, Hypocreales, Hypocreaceae
Rak drzew owocowych [Nectria galligena (Cylindrocarpon heteronema)].
Fusarium spp. w patologii winorośli.

5. Fungi, Ascomycota, Dothideomycetes, Myriangales, Elsinoaceae
Antraknoza winorośli (Elsinoë ampelina).
Antraknoza maliny (Elsinoë veneta).
Fungi, Ascomycota, Diaporthales, Gnomoniaceae i Valsaceae
Nekroza kory winorośli (Phomopsis viticola).

6. Fungi, Ascomycota, Sordariomycetes, Diaporthales, Schizoparmaceae
Biała zgnilizna winogron (Coniella diplodiella =Coniothyrium diplodiella).
Fungi, Ascomycota, Sordariomycetes, Glomerellales, Glomerellaceae
Antraknoza winorośli Colletotrichum gleosporioides (st. mej. Glomerella cingulata).
Fungi, Ascomycota, Dothideomycetes, Botryosphaeriales, Phyllostictaceae
Czarna zgnilizna winorośli (Phyllosticta ampelicida =Guignardia bidwellii).
+ sprawdzian

7. Fungi, Ascomycota, Heotiales, Sclerotiniaceae

Szara pleśń winorośli i innych roślin [Botryotinia fuckeliana (Botrytis cinerea)].
Sclerotinia sclerotiorum - zgnilizna twardzikowa w produkcji winorośli i przechowalnictwie roślin.
Fungi, Ascomycota, Erysiphales, Erysiphaceae
Mączniak prawdziwy winorośli (Uncinula necator) i innych roślin.

8. Fungi, Basidiomycota, Teliomycetes, Uredinales, Pucciniaceae

Rdza wejmutkowo-porzeczkowa (Cronartium ribicola).
Fungi, Basidiomycota, Basidiomycetes, Holobasidiomycetidae, Stereales, Meruliaceae
Zgnilizna drewna i srebrzystość liści drzew oraz krzewów liściastych (Chondrostereum purpureum).

9. Fungi, Basidiomycota, Hymenomycetes, Ceratobasidiales, Ceratobasidiaceae

Thanatephorus cucumeris (Rhizoctonia solani) – rizoktonioza w produkcji winorośli.
Grzyby mitosporowe
Werticilioza winorośli i innych roślin (Verticillium dahliae, V. albo-atrum).
Alternariozy winorośli i innych roślin (Alternaria alternata, Alternaria spp.).