The present work represents the first comprehensive phylogenetic study of the genus Seynesiella (Dothideomycetes). The genus belongs into the family Cylindrosympodiaceae within the order Venturiales, based on a phytogeny reconstructed with five loci. The high genetic diversity found within the type species, S. juniperi, points towards cryptic speciation, with up to five distinct species that might be associated to different Juniperus hosts. Combining phylogenetics and multi-locus delimitation analyses with more detailed measurements of ascospores will be fundamental for a better understanding of species boundaries and the biogeographic history of the delimited species, as well as for revealing more specific fungal-plant association patterns. Keywords. Fungi, Iberian Peninsula, phytogeny Este trabajo representa el primer estudio filogenético detallado del género de hongos Seynesiella (Dothideomycetes). En base a una filogenia reconstruida con cinco marcadores se concluye que, dentro del orden Venturiales, este género se ubica en la familia Cylindrosympodiaceae. La alta diversidad genética hallada dentro de la especie tipo, S. juniperi, sugiere la existencia de especiación críptica, con hasta cinco especies distintas que podrían estar asociadas a diferentes huéspedes del género Juniperus. La combinación de análisis filogenéticos y de delimitación de especies basados en múltiples loci, junto con mediciones más detalladas de las ascosporas, será fundamental para una mejor comprensión de los límites entre las posibles especies distintas y su historia biogeográfica, así como para revelar pautas más específicas de asociación hongo-planta. Palabras clave. Hongos, Península Ibérica, filogenia.